Os pedidos são atualizados usando o IPN Merchant Order en Checkout Pro?

Sim. Utilizamos a notificação de Merchant Order IPN para atualizar os pedidos gerados pelo Checkout do Mercado Pago.

O pedido não é atualizado ao usar o checkout do Mercado Pago em sandbox (modo de teste)

No modo sandbox o status do pagamento não é atualizado, pois o Mercado Pago não consegue relacionar o registro de pagamento (payment API) com o registro de pedido (Merchant Order API)