Eu preciso continuar a usar o campo do nome da empresa renomeado para CPF no checkout ?

Não, se a sua integração com o ERP não o utiliza, você pode remover o campo, uma vez que o checkout da Shopify já possui um campo nativo para CPF/CNPJ. Se você não precisar mais do campo do Nome da Empresa alterado para CPF, você pode desabilitá-lo no Admin em Configurações > Checkout > Informações do cliente.